Film opowiada dalsze losy mutantów. Znowuż ujrzymy starych znajomych, w tym Wolverine’a, profesora Xaviera, Storm, czy także głównego „złego” Magneto. Tym razem główną przyczyną sporu jest szczepionka tzw. remedium, dzięki której mutanci mogą zostać całkowicie wyleczeni, tzn. pozbawieni swoich ponadnaturalnych uzdolnień. I rodzi się konflikt pomiędzy Xavierem, a Magneto. A jeszcze bardziej komplikuje sprawę pojawienie się pięknej Jean Grey, a raczej jej drugiego wcielenia – Mrocznego Feniksa, najsilniejszego żyjącego mutanta; film przez to dość mocno nawiązuje do komiksu „Dark Phoenix Saga”.
